民國47年，覃勤、陳固、陳恭炎等前輩號召國內中醫界人士集資興築，於台中市創立了中國醫藥大學，開啟了台灣地區中醫學術正規教育之發端。
本校宗旨為「恢復傳統中國醫學；吸收西方醫學新知，融入中國傳統醫學」與「促使中西醫融會貫通，進而建立新醫學體系」。
中醫學系創立於民國55年，為落實創校理念與培育新一代兼具中、西醫學完整資歷之人才，經核准設立中醫科（後改名為中醫學系），修業六年，中西醫兼修；從第二屆開始改為七年，畢業後參加中、西醫師檢覈考試。
民國64年，由中醫學系何人豪主任規劃創立中國醫學研究所，招收碩士班研究生。民國77年與中藥研究所聯合成立中國醫藥研究所博士班，民國81年正式改為中國醫學研究所博士班及中國藥學研究所博士班，其中中國醫學研究所博士班隸屬本所，為延續碩士班之中醫教研結構。一直以招收具醫師背景人才為目標 。民國95年開始招收非醫師背景之優秀人才從事中醫基礎醫學研究。
自85學年度起辦理加修醫學系為雙主修，具雙主修資格者修業年限延長為八年。於92學年度招生名額即分為七年制中醫學系計六十名；加修醫學系為八年雙主修計六十名。但自93學年度起招收120名，並於一年級暑假依 「中國醫藥大學中醫學系修讀醫學系雙主修辦法」舉辦加修醫學系為雙主修之考試，名額為六十名，其餘名額為單修。
自95學年度起招生分甲、乙兩組，甲組學生得依 「中國醫藥大學中醫學院中醫學系修讀醫學院醫學系雙主修辦法」之規定申請加修醫學系為雙主修，乙組為七年單主修制。
自98學年度起中國醫學研究所與中醫學系合併為中醫學系學士班、碩士班及博士班。研究所分成4組招生(醫史文獻組、臨床醫學組、分子醫學組及醫工材料組)。
自99學年度起博士班招生依研究領域分為3組招生(中醫醫史文獻組、中醫臨床醫學組及中醫基礎醫學組)；碩士班自100學年度起實施。
自102學年度起，中醫學系甲組雙主修，因應醫學教育改革，修業年限由8年改為7年。
自110學年度起，中獸醫碩士學位學程整併至中醫學系碩士班，碩士班分為4組招生(中醫醫史文獻組、中醫臨床醫學組、中醫基礎醫學組、中醫獸醫組)。