碩士班研究方向包括中醫藥之醫史文獻、臨床醫學、分子生物與醫工材料研究、中獸醫學等4大領域。課程規劃分成共同必修、專業必修，共同選修與專業選修。專業必修及選修是依4個研究領域所需之課程進行規劃，使學生能除了獲得中醫的知識並能取得專業領域的知識，以期達到碩士班之教育目標。
分成醫史文獻領域、臨床醫學領域、中醫基礎領域、中獸醫領域，內容包括醫經醫史學、中醫理論、中醫方藥學、中醫診斷學、針灸、傷科學 、中醫各科臨床、分子醫學、醫學工程、奈米科學、中獸醫學等研究。
